Adapun jumlah kekuatan pegawai Pengadilan Agama Paniai per 1 Juni 2020 sebanyak 10 orang dengan susunan dalam struktur organisasi kepegawaian sebagai berikut :
Ketua 1 orang
Wakil Ketua 1 orang
Hakim sebanyak 3 orang
CPNS/ cakim kosong
Kepaniteraan meliputi :
Panitera 1 orang
Panitera Muda terdiri dari :
Panitera Muda Gugatan (kosong)
Panitera Muda Permohonan (kosong)
Panitera Muda Hukum 1 orang
Panitera Pengganti (kosong)
Kejurusitaan terdiri atas:
Jurusita masih kosong .
Jurusita Pengganti (kosong) hanya ada 2 (dua) jurusita pengganti lokal , yang kesemuannya diisi oleh pejabat kesekretariatan yakni Kasubbag. Umum dan Keuangan serta staff.
Kesekretariatan meliputi :
Sekretaris 1 orang
Kepala Sub Bagian terdiri dari :
Kepala Sub bagian Kepegawaian, Organisasi dan tatalaksana kosong
Kepala Sub Bagian Perencanaan, TI dan Pelaporan kosong
Kepala Sub Bagian Umum dan Keuangan 1 orang